Хирургическое отделение открыто в ноябре 1981 года и функционировало как отделение экстренной хирургии, осуществляя два дежурства в неделю. На полную мощность отделение стало работать с середины 1982 года. С 2010 года отделение стало оказывать и плановую хирургическую помощь. За это время в отделении было развернуто от 60 до 80 коек и пролечено 68032 больных, выполнено 40948 операций. С января 2016 года произошло разделение отделения в связи с увеличением коечного фонда до 83 и введением дополнительного третьего дежурства по абдоминальной хирургии. Первым заведующим хирургического отделения был Беренштейн Марк Моисеевич.

С 2013 года по настоящее время отделение возглавляет Ильясов Руслан Рамильевич. Старшей медицинской сестрой с 1981 года работала Гребенникова Людмила Ивановна, а с января 2016 старшей медицинской сестрой является Шаповалова Елена Витальевна.

В состав штата сотрудников отделения входит 8 врачей (1 имеет звание Заслуженный врач РФ, 3 с высшей категорией, 2 врача имеют 1 категорию),11 медицинских сестер (5 из которых с высшей категорией, 2 имеют 1 категорию и 4 молодых специалиста), 10 санитарок. Кроме штатных врачей работает 5 врачей-совместителей За время работы подготовлено 9 врачей высшей категории, 14 врачей 1 категории, защищено 4 кандидатские и 2 докторские диссертации. На базе отделения работает кафедра хирургии института усовершенствования врачей, где работают 3 доктора медицинских наук и 1 кандидат медицинских наук.

В отделении освоены и широко внедрены в практику эндоскопические методы лечения: при желчекаменной болезни более 90% холецистэктомий, а  при остром аппендиците около 90% больных оперированы эндоскопически. Эндоскопические методики применяются и при  оперативном лечении паховых грыж, грыж пищеводного отверстия диафрагмы,  операциях при прободной гастро-дуоденальной язве, острой спаечной кишечной непроходимости, остром панкреатите. Внедрен и успешно используется метод РХПГ с ЭПСТ при лечении больных с холедохолитиазом. Освоена и широко применяется методика пункций и дренирования под УЗИ навигацией. В отделении выполняются реконструктивные операции на желчных путях, желудке и толстой кишке.

Более чем за 30-летний период работы отделения показатель летальности по экстренной хирургической патологии и по всем нозологиям ниже среднего по РФ.

Хирургическое отделение №1 ГБУЗ «КБ №6 им. Г.А. Захарьина» является учебной базой для подготовки врачей-интернов и клинических ординаторов ГБОУ ДПО ПИУВ по специальности «Хирургия» и «Эндоскопия».